Om via FTP files te uploaden naar je server moet je natuurlijk eerst een FTP-server installeren op je server. Proftpd is bijvoorbeeld een FTP server die je via apt kan installeren in Ubuntu. Verder zal je ook nog een user moeten aanmaken die toegang heeft via FTP en zal je ook je 'FTP-root' moeten instellen, de locatie waar je files moeten terechtkomen op de webserver dus. Deze link is een goed begin:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=79588Ik veronderstel dat je ook al MySQL, PHP en PHPmyadmin hebt geïnstalleerd aangezien je met Joomla gaat werken?
Een belangrijke waarschuwing (en Gandyman zal me hier zeker in bijtreden): als je niet duidelijk weet waar je aan begint of mee bezig bent, ga dan eerst aan het lezen en doe onderzoek naar hoe je een VEILIGE web- en FTP-server opzet. Voor je het weet wordt je server gehacked, en als je dan niet exact weet wat er gebeurd zou het wel eens nare gevolgen kunnen hebben! Ik wil je hiermee niet afschrikken, maar wel goed inlichten! 
*edit* Blijkbaar niet zo heel goed gelezen, want blijkbaar kan je wel al inloggen via FTP. Eén hint: gebruikt NOOIT root om in te loggen! Maak een aparte user aan en geef deze de juiste rechten op de 'document-root' van je web- en ftp-server (standaard is dat /var/www bij apache).
