In jou geval zal je "handmatig" moeten aangeven welke partities Ubuntu moet gebruiken, en aangeven dat die geformatteerd moeten worden.
Een voor beginners gemakkelijker alternatief is vooraf, met gparted of, beter, vanuit Windows (kan je niet per ongeluk je Windows verwijderen), de oude linux partities te wissen. Dan moet je in het installatieprogramma aangeven de vrije schijfruimte te gebruiken, waarna het installatieprogramma automatisch die vrije ruimte zal indelen en formateren