Als je er werkelijk "een zootje" van hebt gemaakt, d.w.z., volgins ik begrijp, mappen van thunderbird in firefox gekopieerd en andersom, dan zet je ze beter niet terug. Start Thunderbird en Firefox op: die maken nieuwe profielen aan en je kan met een schone lei beginnen. Je moet wel je mailaccount terug ingeven. Het enige wat je dan nog moet terugplaatsen, is je lokaal bewaarde mail, als je dat tenminste hebt. In je nieuw aangemaakte profiel zal je een map "Local folders" vinden onder de "Mail" folder. In je reservekopie van Thunderbird vindt je dan ook die folder: kopieer de inhoud daarvan naar je nieuwe profiel om je mailarchief terug te zetten. Misschien wil je wel je bookmarks in Firefox ook terugzetten: dat kan door het bestand "places.sqlite" in de firefoxprofielfolder te overschrijven door het gelijknamige bestand in je backupfolder.
Je vroeg erom, maar de folderstructuur van .thunderbird omvat 2393 lijnen, en bevat ook wat confidentiƫle informatie. Voor .firefox zijn er 5672 lijnen.
Edit - uit je antwoord blijkt dat de teruggeplaatste folders verstoord zijn. Wis ze en zet je backup terug, maar op de juiste manier nu.