Conflicterende instellingen? Wat gebruik je? IMAP? POP? Heb je aanstaan dat de mail op de server moet blijven staan?
Jouw mailprogramma, welke dan ook, haalt ongelezen mail van de server, (als die mail niet in de database van je mailprogramma zit).
Als je je database leeghaalt, ziet jouw mailclient de mail op de server als nieuw. Het zit immers niet meer in de database.
En als dat 25000 mailtjes zijn, met attachs eraan, dan is 'ie even bezig, en heeft geen tijd voor jou.
Dit is wat ik denk dat er aan de hand is.