Waar heb je die config file staan?
Namelijk, die in ~/.config/transmission/settings.json heeft geen zin, je moet de ~/.config/transmission-daemon/settings.json hebben.
En na het editen van de file moet je ook de daemon restarten met /etc/init.d/transmission-daemon restart.
En, als laatste, kunnen er in de init file /etc/init.d/transmission-daemon ook nog wat instellingen staan, bekijk die dus ook eens.