Volgens mij kun gewoon 2 harde schijven gebruiken, zoals je het wilt.
De ene windows-schijf bevat dan op zijn MBR(master boot record) de windows-bootloader, die windows voor je kan laden.
De op de MBR van de andere schijf kun je dan het beste Grub zetten, die Ubuntu kan booten van je andere harde schijf. Je kunt dan in je Bios de bootvolgorde zo instellen als je het hebben wilt, eerst de windows-schijf of eerst de ubuntu-schijf. Je start windows dan nog gewoon op via zijn eigen bootloader, en heb je daar Grub niet voor nodig.
Je kunt dan het beste door middel van jumpers de ene schijf op master en de andere op slave zetten. Dan weet je precies wat je hebt. Je kunt de jumpers ook op Cable-select zetten, dan zoekt je Bios het uit tijdens het opstarten. Dat heeft alleen het nadeel dat je misschien niet helemaal zeker weet hoe je het hebt zitten.
Eventueel kun je grub op ubuntuschijf nog zo instellen dat hij windows ook als een optie levert, dan kun je vanuit grub windows booten. Als er dan een probleem op treed stel je je bios weer in op je windowsschijf en gebruikt het bios de bootloader die in het mbr van de windowsschijf geïnstalleerd is, de windows-bootloader dus.