Ik ben deze avond ook eens aan het prutsen geweest, en kwam in jou situatie terecht: een unity 3D waarvan alleen het menu nog verscheen. In een verder stadium werd steeds teruggevallen op Ubity 2D.
Er blikt dus inderdaad geen eenduidige methode te zijn om dit te repareren. Vele keren "unity --reset" geprobeerd, de compiz folders verwijderd, .. Uiteindelijk is het na herhaalde pogingen gelukt door vanuit Unity 2D ccsm op te starten, de unity plugin af te zetten, en daarna weer aan: dan vraagt hij om conflicten op te lossen, en dan koos ik de middelste optie.
Moraal van het verhaal: zoveel mogelijk afblijven, en indien wel: een voor een opties aan/uitvinken, en goed testen of alles daarna nog goed is.