De . en .. zie je normaal enkel met de -a optie. Op een standaard Ubuntu systeem is "ls" een alias naar "ls --color". Als je als uitvoer van "type ls" "/bin/ls" ziet, dan moet dat een aangepast systeem zijn waar die alias is afgezet. Met de standaard configuratie is krijg je als uitvoer "ls is aliased to `ls --color=auto'". Het lijkt me dat je de uitvoer van "which ls" hebt gerapporteerd. Kijk eens wat "type ls" zegt.