Bij een wubi installatie kies je ook bij het opstarten van de computer welk besturingssysteem je wil. Met "Ubuntu in windows" bedoelen ze dat je Ubuntu installeert vanuit Windows, en het resultaat is inderdaad dat de ganse Ubuntupartitie als een bestand in de Windowspartitie verschijnt. Tot daar het verschil. Naar gebruikerservaring is er in eerste instantie zeer weinig verschil: je krijgt net als bij een gewone installatie in een andere partitie bij het opstarten de keuze of je Win of Ubuntu wil opstarten. Eens Ubuntu geladen is het enige verschil de manier waarop de harde schijf gebruikt wordt. Bij een gewone installatie werkt Ubuntu rechtstreeks op een afzonderlijke partitie, bij een Wubi installatie schrijft Ubuntu in een virtuele partitie, die omgezet wordt naar data in een bestand op de Windows partitie.
