Dat een configuratiefolder in een volgende versie compatibel is met een vorige versie, is niet gegarandeerd. 99.9% van de gevallen geen probleem, maar een enkele keer wel zoals je merkt.
Ik neem slechts selectief configuratiefolders over (thunderbird, shotwell), maar breng de rest bij een upgrade weer op fabrieksinstellingen - opgeruimd staat netjes.
Wil je wel je gehele configuratie overnemen, dan kan het uitzonderlijk eventjes fout gaan. In dit geval is dit "chirurgisch" opgelost, maar anders volstaat het de configuratiefolder te verwijderen, zodat een nieuwe wordt aangemaakt. Enkel voor systeemprogramma's, waar tegenwoordig de configuratie soms over meerdere folders verspreid is, kan het moeilijker worden.
Begrijp ik het goed, kopie van de home folder maken en veilig wegzetten, upgraden. Voor het opnieuw installeren van een programma de folder ~/.config/programma herbenoemen.
Als je opwaardeert over een bestaande installatie, dan kan dat inderdaad zo. Je kan op elk moment je folder ~/.config/programma herbenoemen. Gebruik eerst de oude. Gaat het fout, hernoem die. De volgende keer dat het programma terug start, vind het geen configuratiefolder aan en maakt automatisch standaardinstellingen aan.
Zelf verkies ik steeds een schone installatie, d.w.z. waarbij de vorige versie gewist wordt. Dan krijg je na een schone installatie een kakelverse folder op "fabrieksinstellingen". Dan volstaat het de Documenten en sommige configuratiefolders uit je reservekopie terug te plaatsen. Ik werk om die reden met een aparte home. Voor herinstallatie, hernoem ik mijn home folder. Tijdens de herinstallatie wordt de systeemfolder volledig gewist. Op de aparte home wordt dan een kakelverse home aangemaakt. Het is daarna gemakkelijk en snel wat nodig is uit de oude home te verplaatsen naar de nieuwe.