Blijkbaar is het inmiddels opgelost want na een aantal dagen verscheen bij het opstarten van skype plots toch het pictogram. Ik vermoed dat het te maken heeft met interferenties tussen compiz, unity en gnome manager(s).
Voor een leek als ik moet ik vaststellen dat dáár toch wel nogal wat onduidelijkheden in zitten. Je weet eigenlijk nooit goed waar je nu mee bezig bent: unity, gnome, compiz, desktop settings, scherminstellingen, ...; het loopt allemaal wat door elkaar.