Er moet iets anders mis zijn. Ook al zou de mail op de server blijven staan, dan mag een mailprogramma de mail niet opnieuw binnenhalen. Normaal gesproken gebruiken programma's daar iets van een indexfile voor. Als die beschadigd is, krijg je dit soort verschijnselen.
Ik zou het account eens verwijderen en dan opnieuw aanmaken. Waarschijnlijk is je probleem dan over.
Iets anders wat ik wel eens mee heb gemaakt (in Outlook Express o.a.) is dat de mail werd binnengehaald tot aan een bepaalde misvormde e-mail. Daarop liep het ontvangen vast en werd afgebroken. Het DELE commando werd dus nooit aan de POP-server gestuurd en de mail bleef op de server staan. Overigens is dit bij jou volgens mij niet het geval, want als ik het goed begrijp krijg je ook nieuwe mails binnen.