Jammer, bij mij is deze map /etc/apt/preferences.d/ helemaal leeg, waarschijnlijk omdat ik ook niets van PHP heb geïnstalleerd.
Staat bij jou iets van php in de map? Knip dit en plak het even in een andere map, zodat je het later terug kan plaatsen.. Start nu de Update manager weer op , lukt het nu wel?