Skype en Ubuntu liepen bij mij ook niet 'out of the box' synchroon.
In skype kan je kiezen uit verschillende 'sound devices', sommige zullen voor je werken anderen niet. Naar mijn weten is het enige wat je kan doen is gewoon verschillende devices proberen en dan zo'n test call doen om te kijken of je instellingen correct zijn. Het kan goed zijn dat je audio device niet goed ingesteld is.
Daarnaast kan je ook met alsamixer (terminal-->
alsamixer
het een en ander mixen met je audio instellingen. Daarvoor kan je het beste even googlen, aangezien ik nog vrij nieuw ben met Ubuntu.
Hope it helps