Een borduurmachine die via usb aangestuurd wordt zal een specifieke driver nodig hebben en dan werkt dat niet onder Linux en dus ook niet onder Wine. Als hij zich zou gedragen als een generisch opslagsysteem en dus als een drive waar je de patronen naartoe kopieert, dan wordt het wel ondersteund in Linux en dus in Wine.
Een voorbeeld van een Windows-programma dat specifieke usb-hardware moet kunnen ondersteunen en niet werkt onder Wine is TomTom Home (voor de TomTom GPS navigator via usb) en Logitech Harmony (de software voor het configureren van de gelijknamige universele afstandsbediening via usb).
In het geval van de vraagsteller heb ik sterk de indruk dat zijn Windows 7 virtuele machine een te beperkte configuratie heeft met niet genoeg schijfruimte en/of niet genoeg werkgeheugen. En dan loopt de boel dus vast.
De versie Digitizer Jr. 4.5 van het borduurprogramma werkt met een dongle in de usb-poort, maar bij versie Digitizer Jr. 5 van het borduurprogramma is de dongle niet meer nodig. Wel is versie Digitizer Jr. 5 weer veel groter dan versie Digitizer Jr. 4.5. Misschien bedoel jij de dongle van de 4.5 versie van Digitizer Jr.
Verder denk ik dat jij gelijk hebt met de grootte van de virtuele Windows 7, het is niet anders dan alles groter te gaan aanmaken in Oracle VirtualBox.
Heb het vorige dus al verwijderd en ga maar weer een keer er opnieuw mee aan de gang.