Ik heb het probleem niet kunnen oplossen, wel heb ik een manier gevonden om toch soort van de Wine applicatie te minimaliseren:
Dit heb ik gedaan door werkbladwisselaar in the schakelen. Dan gewoon een leeg werkblad kiezen en de Wine applicatie daarin openen.
Wanneer je deze wilt minimaliseren, druk je gewoon op ctrl + alt + een van de pijlen om zo op een andere werkblad te komen!