Dit gedrag wordt dan (denk ik) veroorzaakt doordat ik de desktop soms uitzet/aanzet met de docking station nog aan en soms met de doking station uitgeschakeld.
In beide gevallen is er inderdaad een verschil. Staat het dockingstation al aan, dan worden de partities gedurende de opstart aangekoppeld, en kan je als gebruiker wel ontkoppelen, maar niet "uitwerpen". Stat die af, dan wordt de partitie aangekoppeld terwijl je eigen gebruiker ingelogd is. Dan kan je ook "uitwerpen".
Toch zou normaal bij een correct afsluiten van de computer het koppelpunt automatisch terug verwijderd moeten worden. Dat dit voor jou niet gebeurt (en dat de verschillende versies verschillende eigenaars hebben - eens jou gebruiker, dan eens root) is niet standaard.
Gaat die dockingstation niet in "slaapmodus" als de computer af staat? Dan kan je overwegen die nooit zonder stroom te zetten. Een andere optie is met een hoofdschakelaar, bijv op een stekkerblok, te werken, die je aanzet voor je de PC opstart.
Vr1: Kan dat gedrag vermeden worden door alle USB disks in fstab op te nemen?
Ja, en dat is zeker OK als dit een dockingstation is die toch altijd aan dat werkstation aangesloten is.
Vr2: Wat is er verschil tussen: 'chown user:user /media/user/disk1' en 'chown -R user:user /media/user/disk1'
Zoals emvedeesje aangaf. "-R" staat voor "recursief", dus niet alleen de folder zelf, maar ook alle onderliggende folders en bestanden.