In principe kunnen er problemen zijn met bepaalde software als je zonder meer je oude home directory hergebruikt. Het formaat van configuratiebestanden kan wijzigen, en als de nieuwe versie van het programma daar dan zelf niet goed mee omspringt, wordt de oude config niet gebruikt of, slechter nog, zijn er problemen.
Ik heb ook een aparte partitie voor /home, maar voor een (schone) installatie van een nieuwe Ubuntu versie neem ik niet mijn oude home over. Vóór installatie hernoem ik mijn oude home:
mv /mnt/sda1/home/vanadium /mnt/sda1/home/vanadium_old
Daarna voer ik de installatie uit zoals jij beschrijft: aangeven dat je datapartitie niet geformatteerd moet worden, maar als /home moet aangekoppeld worden. Hierdoor wordt er een fabrieksverse /home/vanadium gemaakt.
Het is dan een fluitje van een cent om data (documenten, foto's) naar de nieuwe /home te verplaatsen. Soms zijn ook - heel selectief - configuratiebestanden overneembaar.