Het klopt dat ntp je klok op geregelde tijden goedzet. Meestal gaat het om secondenwerk, maar als jouw hardware-klok niet goed werkt, kunnen het misschien minuten worden waar Windows op zou kunnen reageren. Dus ja, probeer eens die ntp ui te zetten. Dan kan je bijvoorbeeld doen door in 'Datum en tijd wijzigen' (rechtsklik op de tijd), de methode op handmatig te zetten.
Ook zou je eens de Guest Additions kunnen de-installeren, als het goed is wordt dan de tijd niet meer gelijkgehouden aan de host.