Elementary OS ken ik niet; doet die misschien iets vergelijkbaars als Linux Mint?
In Linux Mint zitten er inderdaad flinke verschillen tussen de handelwijze van Updatebeheer aan de ene kant, en Synaptic en apt-get upgrade / apt-get dist-upgrade aan de andere kant. Mint heeft namelijk alleen in Updatebeheer een classificatie in risiconiveaus zitten, waardoor je niet standaard alle updates krijgt aangeboden.