Wat je in ieder geval NIET moet doen, is apt-get en aptitude door elkaar gebruiken.
En aangezien alle grafische programma's (Synaptic, Update Manager, Add/remove applications etc.) gebruik maken van apt-get, kan je beter daarbij blijven.
Apt-get en aptitude gebruik ik door elkaar en daar heb ik nog nooit problemen mee gehad.
Aptitude is een "front-end" interface voor apt-get en gebruikt het zelfde Debian package systeem. Waarom zou dat niet door elkaar gebruikt kunnen worden?
Niet toevallig heb ik net wel een probleem gehad dat aantoont dat Johan van Dijk gelijk heeft: aptitude en apt-get hebben verschillende databases of gaan verschillend om met de databases. Voorbeeld:
Ik deed
sudo apt-get purge vlc vlc-plugin-esd mozilla-plugin-vlc
Je zou denken dat vlc dan echt weg is. Het was weg uit het menu, maar startte in de CLI nog mooi op. In /usr/share/bin/vlc en /usr/bin stond ook nog veel.
Aptitude gestart, gezocht op vlc, nog een hele berg dependencies en wat conflicten. Daar ook verwijderd, en nu is vlc er echt niet meer.
Kortom, het maakt wel degelijk wat uit. (wellicht heb ik het in het verleden met apt-get geupdated (gebruik altijd apt-get, héél soms synaptic), terwijl vlc standaard met aptitude staat geïnstalleerd...?)
En is de conclusie dus: om veilig te zijn toch maar niet door elkaar gebruiken en/of als je last hebt met apt-get remove / purge, ook ff in aptitude kijken.