Ik begrijp ook niet waarom je achteraf permissies wil gaan corrigeren, en dan nog blijkbaar van je bronbestanden?? (/home/gerard is het origineel dat moet gebackuped worden, toch?) rsync -a maakt inderdaad een "spiegelkopie": alle gegevens en folderstructuren worden exact overgekopieerd, permissies en eigenaars intact. Het enige wat -a niet doet, is ook harde linken reproduceren, want dat vertraagt te veel. Je kan hiervoor zelf de optie -H toevoegen.
In recente Ubuntu versies (vanaf 12.10) werd die .gvfs terecht verplaatst, weg vanuit de directory van de gebruiker. Zo heeft hij er nooit meer last van. In jou geval zou ik dus meteen al bij de backup operatie .gvfs niet meenemen.