Kleine uitleg, voor zover ik het begrijp:
Bij het opstarten wordt gekeken in het boot record van je disc.
Hier staat een verwijzing naar de grub installatie van waaruit grub is geïnstalleerd, meestal is dit de laatst geïnstalleerde Linux.
Staat van deze installatie in /etc/default/grub de waarde GRUB_DEFAULT=0, dat wordt op die partitie Linux opgestart.
Kan het zijn, dat hier bij jou het verschil zit?