Daar is geen algemeen antwoord op te geven. Het hang er volledig van af wat dat .run installatieprogramma veranderd heeft aan je systeem.
Los van het feit of je dat terug "clean" kan verwijderen, moet het wel mogelijk zijn een andere driver in te stellen voor je ATI kaart. Maak gebruik van "System - Administration - Additional drivers" om in eerste instantie over te schakelen op de open source drivers. Als je dan via diezelfde dialoog de proprietaire driver activeert, dan zal dat het wellicht de door ubuntu ondersteunde driver zijn.
De resultaten van je .run bestand staan dan nog wel ergens op schijf, maar hebben op dat ogenblik geen invloed meer op de werking van je systeem.