Na het installeren van Ubuntu met Wubi geef je een herstart en krijg je een Grub te zien. Als je vervolgens Ubuntu start zal er voor zover ik weet niets van windows worden meegeladen.
Voor zover ik weet is het enige nadeel dat je niet met een echt filesysteem werkt, maar met een file die als virtueel filesysteem gebruikt wordt welke nog op je NTFS filesysteem van Windows staat. Hierdoor zou het volgens mij iets trager zijn dan wanneer het een echt ext3 filesysteem zou zijn.