Op het ogenblik dat je een torrent opent, kan je met Transmission aangeven waar de bestanden moeten komen.
Uit wat je beschrijft, vermoed ik dat je de directory waar de torrents allemaal terechtkwamen, hebt verwijderd. Dan probeert hij ze bij een volgende opstart op het Bureaublad te plaatsen.
Wat je kan proberen is op je bureaublad de directories waar nu de bestanden worden gedownload, vervangen door symbolische links met dezelfde naam, die verwijzen naar de nieuwe lokatie waar de bestanden nu staan. Ik vermoed dat bij een volgende start transmission "scant" wat er allemaal is en wat er nog moet gedownload worden.