Voor zover ik weet registreert elke pc met samba zich onder het ip waarmee hij op het netwerk hangt. En twee pc hebben allebei een ander ip (mits niet verkeerd ingesteld, maar dan heb je wel meer problemen).
Ik weet niet beter dan dat je simpelweg meer dan 1 servers in je netwerk kunt hebben, dus zou twee samba pc's ook geen probleem moeten zijn.