Ik denk dat je dan het beste gebruik kan maken van het programma "screen".
Dit is een "windowmanager", maar dan voor terminals.
Het voordeel hiervan is dat je een programma kan starten binnen screen, en dat je dan de terminalvensters kan sluiten.
Als je een nieuwe terminal opent (of via SSH inlogt) kan je weer verbinden naar de sessie die in screen staat, bijv. je download programma.