Ben je zeker dat dit Ubuntu server is? De serverversie is niet bedoeld om via de grafische interface te gebruiken.
Ik gok nu maar dat je de Unity desktop gebruikt. Dat is de standaard desktop van Ubuntu.
Applicaties die de gebruiker kan opzoeken, staan in /usr/share/applications als .desktop bestanden. Je zal diegene die de gebruikers niet mogen opstarten uit die directory moeten verwijderen. Een gebruiker kan privé-applicaties hebben (applicaties die hij alleen kan vinden en opstarten) via .desktop bestanden in ~/.local/share/applications
De iconen die links getoond worden, zijn gebruikersinstellingen, en worden dus per account ingesteld.