Ik gebruik niet ntpdate, maar ntpd.
Deze synct in mijn geval niet in stappen, maar in 1x, omdat hij het verschil bij opstarten te groot vindt.
De 12 sec. was slechts een voorbeeld. Hoe langer de PC uit staat, hoe groter het verschil. Dus ik denk dat het wel degelijk een afwijking van de klok is.