Volgens mij ligt dat er aan HOE je iets installeert via de terminal.
Doe je dat met "apt-get install" dan wordt het allemaal gelogd door apt (net als met een installatie van iets via synaptic), installeer je een zelf gedownload .deb-pakket via de Debian packagemanager dan wordt het ook gelogd maar dan door dpkg. Installeer je een zelf gedownload programma (een tarball of zo) met de eigen installer van dat pakket dan wordt er niets gelogd door het systeem en ben je voor evt. dé-installatie aangewezen op de (hopelijk) meegeleverde uninstaller van dat pakket zelf.
Gr,
Jim