Zelf gebruik ik geen Rhythmbox meer maar volgens mij kon het oa op de volgende methode.
Selekteer alle muziek en kies voor verwijder. Kies geen : verwijder naar prullenbak want dan wordt alle muziek verwijderd (en die ben je "definitief" kwijt als je de prullenbak leegt).
Wat ook kan:
Ga naar persoonlijke map en maak de verborgen mappen zichbaar doo ctrl+H
Ga naar .local > share > rhytmbox en verwijder de inhoud.
Zorg er wel voor dat het pad naar je muziek goed staat want Rhythmbox begint gelijk te indexeren.
Het kan natuurlijk geen kwaad om alvorens een dusdanige bewerking te doen, allereerst te zorgen voor een goede backup.