Je kunt volgens mij idd je bestanden beter op de gewone hardeschijf zetten, dus je home directory daarop. Ten eerste heb je dan alle ruimte om naar hartelust vol te zetten en verder is een SSD toch iets minder betrouwbaar dan een gewone schijf bij veel schrijven. In principe worden bestanden van het systeem een stuk minder vaak bewerkt dan de bestanden in je home, maar wel veel gelezen (snelheid nodig), dus is het volgens mij logisch om het systeem op de SSD te zetten en je home op de gewone schijf.
Normaal gesproken krijg je bij het installeren van Ubuntu (Mint zal niet anders zijn) een stap waarbij je de schijf indeling kunt instellen. Doe dit handmatig, je kunt dan de grootte van de verschillende partities instellen en ook het koppelpunt. je stelt dan "/" in voor je ssd en /home voor een partitie op je andere schijf en voila.