Een betere en meer veilige oplossing voor dit (tegenwoordig nogal vaak voorkomend) probleem is: open nautilus, rechts-klik een folder, "Openen met", kies "File Browser" (het Nederlandse equivalent).
Voor het andere probleem heb ik niet meteen een oplossing. De links aan de linkerkant van een nautilusvenster, zijn die, die je zelf toevoegt. Die vind je ook terug onder "Locaties - Bladwijzers". Hoe een menuitem er in "Locaties" bijkomt, weet ik niet. Hoe dan ook is het niet ergens een bestandje op schijf. Mogelijk kan je dat via gconf-editor bijsturen. Ik kijk dat nog eens na.