De shortcut in je applications folder moet het doen as je erop dubbelklikt. In de laucher blijft echter de globale versie in /user/share/applications actief (ook na een herstart). Sleep je lokale shortcut naar de Unity laucher en verwijder het oorspronkelijk Nautilus icoon uit de launcher.
Perfect is dit ook niet, want als je nautilus via de zoekfunctie opstart, wordt verschijnt opnieuw de globale. De globale versie aanpassen zal dit oplossen, maar dan mag je geen andere gebruikers op je systeem hebben, anders breekt het voor hen.
Werken met een link zoals jan1100 zegt, is de beste oplossing. Als je je Documents toch niet gebruikt, knikker die weg en vervang die door een symbolische link met naam "Documents" die verwijst naar je nas. Je maakt zo een link gemakkelijk aan door de bestemming (je nas) te verslepen naar je home folder terwijl je Ctrl+Shift ingedrukt houdt. Eens je loslaat, wordt de link aangemaakt. Hernoem die naar "Documents" en klaar. Zo een symbolische link gedraagt zich praktisch net hetzelfde als een "echte" folder.