Heb je de mysql-server die je NIET wilt gebruiken er af gehaald?
Zo ja, zal ik daar als eerste mee beginnen. Eventueel met de --purge opties.
apt-get autoremove
apt-get --purge remove mysql-server
apt-get update
apt-get install mysql-server-5.0
Misschien dat de 5.1 installatie nog in de weg zit.
Overigens heb ik phpMyAdmin en Drupal prima werken op MySQL Server 5.1 op diverse servers.