Dat lijkt me een fout in Synaptic dan..... blijkbaar heeft hij ook instellingen verwijdert van een pakket dat wel geïnstalleerd is.
Veiligheidshalve zal ik dat onderdeel van mijn schoonmaaktips maar even verwijderen, want qua effect (vrijkomende schijfruimte) stelt het sowieso eigenlijk al niks voor. Dat weegt dus totaal niet op tegen het feit dat het in bijzondere gevallen, zoals het jouwe, blijkbaar ellende kan veroorzaken....
Terug naar je probleem: de bovenste optie in het herstelmenu dat je ziet na opstarten in de herstelmodus, zou iets moeten zijn als: "normaal grafisch opstarten" (of woorden van gelijke strekking). Probeer die eens.