Het probleem komt door de ATI closed source driver (versie 9.4) die je via Ubuntu kunt installeren.
Dit komt omdat de ATI driver versie 9.4 niet gemaakt is voor Ubuntu 9.04.
ATI is nu bij driver versie 9.6 (elke maand komt een nieuwe versie) maar ik weet niet of hier het probleem al is opgelost.
Als het goed is doet het probleem zich niet voor bij Ubuntu 8.10 of eerdere versies.
Ubuntu 9.04 werkt standaard met de opensource driver die wel goed werkt met de nieuwere ATI kaarten alleen bij de nieuwere ATI kaarten nog geen 3D ondersteuning heeft.
Ik vond het in het begin heel erg jammer dat de 3d effecten (Compiz) niet werkten met de opensource driver maar ben er nu wel aan gewend en het werkt prettig.
Over iets meer als 3 maanden komt alweer een nieuwe Ubuntu release en ik denk dat ATI het probleem dan wel heeft opgelost en anders is het hopen op de 3D ondersteuning in de opensource driver.
Gijsbert bedankt voor de tip!
Ik heb gelijk even op Tweakers gezocht of er ook info is voor de 9.6 versie:
http://tweakers.net/meuktracker/20694/ati-catalyst-linux-display-driver-96.html