Je kunt de .exe op het bureaublad zetten en er dan op dubbelklikken. Ook kun je een verwijzing maken: open de map waarin de .exe zicht bevindt, sleep de .exe naar het bureaublad (houd de muisknop nog ingedrukt), houd de alt-toets ingedrukt en laat de muisknop los. Nu kun je kiezen voor het maken van een verwijzing.
Als Wine niet het programma bij voorkeur is om de .exe te openen, kun je dat rechtzetten onder rechtsklik bestand -> Eigenschappen -> tabblad "openen met".
