Je kunt wel partities gezipped en encrypted hebben. Je gebruikt dan een speciaal filesystem hiervoor en niet het standaard gebruikte ext3. Alleen gecomprimeerd weet ik niet.
O ja, en het werkt vrijwel zeker niet voor een evt. /boot partitie dus daar voorzichtig mee zijn. Hoe het staat met /root zou ik ook niet durven zeggen. Het veiligst is om er een aparte partitie voor te reserveren lijkt me...