Dat is geen probleem.
Bij het installeren niet kiezen voor "er naast", maar voor "anders".
Dan de USB stick kiezen en opletten dat de boot-loader (Grub) ook op deze USB stick wordt gezet.
Reken er wel op, dat je USB stick een korter leven krijgt, ze zijn hier niet voor gemaakt.
Met een externe schijf kan het ook, dan kan je zelfs partities maken en eventueel een multi-boot systeem op een USB schijf zetten.