Een "grafisch" programma zoals het hier bedoeld wordt, is inderdaad elk programma dat niet in de terminal draait, maar zijn uitvoer als grafische beelden op je scherm tovert.
Enkel "sudo" gebruiken om een dergelijk grafisch programma te openen, kan wel goed gaan, maar er is kans dat het ook fout gaat. Het gaat fout wanneer het als root gestarte grafische programma in jou home folder configuratiebestanden gaat wijzigen. Hierbij verandert de eigenaar naar "root". Volgende keer dat je als gewone gebruiker een programma start, heeft het geen toegang meer tot die configbestanden.
De kans dat het misloopt, is kleiner als je de optie -H gebruikt, dus: "sudo -H nautilus". Dan verandert de home directory naar die van root, nl. /home. Grafische programma's die dan configdata proberen aan te passen, zullen het zoeken in /home in plaats van ~/home, je persoonlijke home. Als je "sudo" zonder opties gebruikt, blijft de home directory je eigen home, met alle risico's vandien.