Je gebruikt een oudere Ubuntu versie.
Die gvfs folder wordt gebruikt waar netwerkschijven en andere aan gekoppeld worden. Vroeger, zoals bij jou, zat die folder onder je home als ~/.gvfs. Nu zit die onder /run/user/<uid>, d.w.z., uit de weg.
Die folder, waar je enkel leesrechten hebt, heb je zelf voor niets nodig. Daarom hebben ze die (gelukkig) uit de weg gezet, maar in jou geval zal je je backup programma moeten zeggen die folder niet mee te nemen.