In Thunar (Xubuntu):
Rechter muistoets > eigenschappen > openen met > programmakiezen.
Dat is juist het vreemde, de associatie was in orde. Intussen heb ik het zelf op kunnen lossen. Wat ik heb gedaan is het volgende (als root):
Met MC (Midnight commander) in een terminal symlinks gemaakt uit de directory /usr/bin/libreoffice/programs:
scalc, sdraw, swriter,simpress, smath en sbase naar /usr/bin.
Daarna op het bureaublad snelkoppelingen naar /usr/bin/swriter met als desktop naam: Libreoffice Writer.desktop en dat ook voor de andere programma's gedaan. Deze starters naar /usr/share/applications gekopieerd.
Nu werkt alles weer.
In ieder geval bedankt voor het meedenken.