Dit is heel simpel.
Je hebt bij de installatie op de externe HD opgegeven, dat grub op de eerste HD moet komen (=standaard), maar daar had je ook de externe HD moeten kiezen.
Als het goed is, dan kan je in grub ook kiezen voor de installatie op de HD.
Start deze op, open een terminal en type sudo grub-install /dev/sda.
Hierbij ga ik er van uit, dat SDA de eerste HD is.