Toch enkel als je de vereerde schijf kiest? Ik kan mij moeilijk voorstellen dat het installatieprogramma andere schijven "zapt' dan deze waarop Ubuntu geïnstalleerd wordt.
Als je partitie inderdaad verdwenen is, dan zit er niets anders op dan te herformatteren. Als je de device naam kent van de partitie (vb. /dev/sdc1) dan kan dat met
sudo mkfs -t ext3 /dev/sdc1
Daarna ontkoppelen (misschien maar mogelijk niet nodig "eject /dev/sdc" om er zeker van te zijn dat het "clean"gebeurd), en terug aankoppelen. Dan zou de schijf automatisch moeten gemount worden met een icoon op de desktop.