Heb je al gekeken of de gebruikte poorten in de router open staan?
Zo ja, kijk dan ook even voor welk ip adres.
Misschien dat Ubuntu en Windows een verschillend ip adres toegedeeld krijgen door je router, of dat je dat zelf zo hebt ingesteld natuurlijk.
Bij Ktorrent zit een UPnP plugin, als die aanstaat kan dat de reden zijn dat het bij dit programma wel goed gaat en bij de rest niet.