Seafile is ook een goede optie, maar omdat het een django/python script is is het iets minder geschikt voor een low power raspberry pi (hoewel het waarschijnlijk wel werkt)..
Owncloud kan ook werken als een share, je kunt het als webdav mounten en dan werkt het zo. Je hebt een veel betere controle over je share dan je met SAMBA ooit zult hebben, je levert echter wel wat in op performance.
@Just, de owncloud optie werkt eigenlijk beter als je een vaste server hebt. Ikzelf heb het op een qnap NAS draaien, maar het werkt alleen binnen mijn netwerk, omdat ik de poort niet geforward heb op mijn router. Natuurlijk kun je owncloud op je vaste pc zetten als je daar een webserver (apache of nginx) op zet en de computer aan laat staan. Geef hem wel een vast ip adres, anders moet je dat steeds opzoeken. Een nadeel is dat owncloud zijn eigen storage nodig heeft.
Voor adhoc syncen is syncthing misschien een goede oplossing? Dit werkt net als bittorent sync, maar is opensource (ik ben voor opensource). Het programma genereert een key die je naar de ontvanger stuurt. Als hij die file importeert in zijn syncthing client, dan wordt de betreffende map automatisch gesynced tussen de twee computers. Als een van de computers uit is, dan doet hij niets. Schijnt ook beter en vooral sneller te werken dan owncloud voor veel en grote bestanden.
Een andere oplossing die ik de meeste mensen aanraad is ouderwets met ssh. Nautilus, Dolphin en veel meer filemanagers kunnen prima overweg met file transfer over ssh. Hoef je niets te mounten, alleen moet je een openssh server draaien op de computer die de files heeft.