Probeer eens wanneer je in een console zit:
$ sudo grub-install /dev/fd0
Eerst maar eens zonder opties. Als het goed is zal er een bootloader op de floppy komen te staan. Start de pc op met flop erin, boot van flop en kijk of je ubuntu en windows kan opstarten.
Als dit lukt kun je ervoor kiezen om de grub van de hd te verwijderen dmv fixmbr, fixboot enz.
edit: aanvulling
Bij een modern moederbord zou je op deze manier ook een usb-stick als bootup medium kunnen maken. Heb daar echter zelf geen ervaring mee.