OK, omtrent wat er met nautilus gebeurd is: de Gnome ontwikkelaars hebben nautilus duchtig onderhanden genomen. Sommigen appreciëren de veranderingen, anderen niet. Onder deze laatsten de ontwikkelaars van Linux Mint: ze hebben een vroege versie van nautilus 3 afgesplitst als basis voor hun bestandsbeheerder "nemo". "caja" is een verderzetting van nautilus versie 2 op de Mate desktop.
Als je na een tijdje vindt dat je echt niet met de huidige versie van nautilus verder kan, dan kan je een andere bestandsbeheerder gebruiken. Aangezien bestandsbeheer diep in de desktop geïntegreerd is, kan het zijn dat je zelfs beter meteen voor een andere desktop kiest. Bestandsbeheer met krachtige terminal bestandsbeheerders kan ook: ranger, midnight commander.